BIO-INFORMATIKA

BIO-INFORMATIKA

Bioinformatika adalah aplikasi dari alat komputasi dan analisa untuk menangkap dan menginterpretasikan data-data biologi. Bioinformatika merupakan ilmu yang esensial dalam dunia Biologi dan Kedokteran modern. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya.

SEJARAH

Ilmu bioinformatika lahir atas insiatif para ahli ilmu komputer berdasarkan Artificial Intelligence (AI). Mereka berpikir bahwa semua gejala yang ada di alam ini bisa diuat secara artificial melalui simulasi dari gejala-gejala tersebut. Untuk mewujudkan hal ini diperlukan data-data yang yang menjadi kunci penentu tindak-tanduk gejala alam tersebut, yaitu gen yang meliputi DNA atau RNA. Bioinformatika ini penting untuk manajemen data-data dari dunia biologi dan kedokteran modern. Perangkat utama  Bioinformatika adalah program software dan didukung oleh kesediaan internet.

CARA KERJA

Kemajuan ilmu Bioinformatika ini lebih didesak lagi oleh genome project yang dilaksanakan diseluruh dunia dan menghasilkan tumpukan informasi gen dari berbagai makhluk hidup, mulai dari makhluk hidup tingkat rendah sampai makhluk hidup tingkat tinggi. Pada tahun 2001, genom manusia yang terdiri dari 2.91 juta bp (base-pare, pasangan basa). Baru-baru ini genom mikroba Plasmodium penyebab Malaria dan nyamuk Anopheles yang menjadi vektor mikroba. Dan masih banyak lagi gen-gen dari makhluk hidup lainnya yang sudah dan sedang dibaca.

Semua data-data yang dihasilkan dari genome project ini perlu di susun dan disimpan rapi sehingga bisa digunakan untuk berbagai keperluan, baik keperluan penelitian maupun keperluan di bidang medis. Dalam hal ini peranan Bioinformatika merupakan hal yang esensial. Dengan Bioinformatika, data-data ini bisa disimpan dengan teratur dalam waktu yang singkat dan tingkat akurasi yang tinggi serta sekaligus dianalisa dengan program-program yang dibuat untuk tujuan tertentu. Sebaliknya Bioinformatika juga mempercepat penyelesaian genome project ini karena Bioinformatika mensuplay program-program yang diperlukan untuk proses pembacaan genom ini.

Bioinformatika dalam Dunia Kedokteran

1.    Bioinformatika dalam bidang klinis

Data yang disimpan meliputi data analisa diagnosa laboratorium, hasil konsultasi dan saran, foto ronsen, ukuran detak jantung, dll. Dengan data ini dokter akan bisa menentukan obat yang sesuai dengan kondisi pasien tertentu. Lebih jauh lagi, dengan dibacanya genom manusia, akan memungkinkan untuk mengetahui penyakit genetik seseorang, sehingga personal careterhadap pasien menjadi lebih akurat.

2.    Bioinformatika untuk identifikasi agent penyakit baru

Pembacaan virus yang ada, mencari kemiripan sekuen (homology alignment) virus yang didapatkan dengan virus lainnya, yang kemudian akan mendeteksi penyakit yang diderita pasien

3.    Bioinformatika untuk diagnosa penyakit baru

Untuk penyakit baru diperlukan diagnosa yang akurat sehingga bisa dibedakan dengan penyakit lain.  Diagnosa yang akurat ini sangat diperlukan untuk penanganan pasien seperti pemberian obat dan perawatan yang tepat. Contoh, jika pasien terinfeksi virus influenza dengan panas tinggi, hanya akan sembuh jika diberi obat yang cocok untuk infeksi virus influenza. Sebaliknya, tidak akan sembuh kalau diberi obat untuk malaria. Karena itu, diagnosa yang tepat untuk suatu penyakit sangat diperlukan.

4.    Bioinformatika untuk penemuan obat

Usaha penemuan obat biasanya dilakukan dengan penemuan zat/senyawa yang bisa menekan perkembangbiakan suatu agent penyebab penyakit. Karena banyak faktor yang bisa mempengaruhi perkembangbiakan agent tersebut, faktor-faktor itulah yang dijadikan target. Diantara faktor tersebut  adalah enzim-enzim yang diperlukan untuk perkembangbiakan suatu agent. Langkah pertama yang dilakukan adalah analisa struktur dan fungsi enzim-enzim tersebut. Kemudian mencari atau mensintesa zat/senyawa yang bisa menekan fungsi dari enzim-enzim tersebut. Penemuan obat yang efektif adalah penemuan senyawa yang berinteraksi dengan asam amino yang berperan untuk aktivitas (active site) dan untuk kestabilan enzim tersebut.

 

Sumber:

http://www.komputasi.lipi.go.id/data/1014224403/data/1110939555.pdf

Tugas Pemrograman Jaringan : Membuat Server Pada Ubuntu

 Yang dibutuhkan :

1.    Oracle VM Virtualbox

dapat di download di:https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads

2.    File iso ubuntu server

dapat di download di: virtualboxes.org/images/ubuntu–server/

Langkah-langkah :

sekarang saatnya install

Pertama, install virtualbox nya terlebih dahulu. Cara peng-install-an dapa dilihat di sini http://krisnawanto777.blogspot.com/2014/02/membuat-jaringan-client-server-di.html

Lalu saatnya membuat virtual machine ubuntu server di virtualbox, caranya:

1. Pertama klik New atau Baru pada VM Virtualbox Manager.

2. pada kolom nama isikan nama untuk identitas pada virtual machine anda lalu klik Next

3. ukuran memori disesuaikan dengan kebutuhan anda by default besaran memori 512 MB.

4. klik Next untuk membuat Virtual Hardisk.

5. tipe berkas hardisk pilih VDI (Virtualbox Disk Image) klik Lanjut.

6. pada penyimpanan hardisk fisik pilih dinamik klik lanjut.

7. ukuran Hardisk defaultnya 8 GB silahkan sesuaikan dengan kebutuhan masing masing.

8. Virtual machine baru sudah terbentuk, langkah selanjutnya adalah pengaturan pada virtual machine.

9. pada kolom penyimpanan klik icon CD (kosong/Empty) lalu klik icon CD pada kolom Drive CD/DVD.

10. klik pada pilihan pilih sebuah berkas CD/DVD virtual.

11. Pilih file ISO pada tempat penyimpanan anda lalu klik open.

12. pada kolom jaringan/network disini saya akan menggunakan 2 buah network adapter, pada adapter 1 pilih NAT.

13. dan pada adapter 2 pilih adapter ter-bridge lalu klik OK.

LANGKAH INSTALASI SERVER

Jika virtual machine sudah dibuat di virtualbox, sekarang langkah instalasi Server pada virtual machine. Berikut langkah-langkahnya:

1. Klik Start / Mulai pada virtual machine yang telah dipilih

2. untuk pilihan bahasa pilih English.

 

 
3. pilih install Ubuntu Server.

4. Setelah ini anda akan diminta untuk mengkonfigurasi lokasi, bahasa, dan bahasa keyboard anda. Untuk konfigurasi keyboard anda, pilih no
 

5. pada Configure the Network pilih eth0

6. Masukan Hostname, hostname adalah nama untuk komputer. Lalu tekan TAB lalu enter

7. masukan nama lengkap user yang menggunakan komputer.

8. Lalu isi juga usernamenya.

9. Setelah mengisikan nama pengguna,anda diminta untuk memasukkan password.

10. disini anda diminta untuk masukan kembali password anda.

11. pada partitioning method pilih Guided – use entire disk and setup LVM

12. tekan enter pada pilihan select disk to partition.
 

13. jawab yes lalu enter.

14. continue

15. pilih yes lalu tekan enter.

16. pada pilihan proxy biarkan saja kosong

17. untuk pilihan software tekan tombol spasi untuk memilih software disini saya pilih OpenSSH Server.

18. untuk pilihan Install GRUB boot loader pilih yes.

19. Ubuntu Server siap digunakan. 

 

PERCOBAAN TOOLS

Tes Koneksi

1. Tes DHCP Hasil Konfigurasi (Tes di ubuntu 12)

ifdown

ifup

2. Tes DNS Hasil Konfigurasi (Tes di windows xp)

3. Tes FTP Hasil konfigurasi (Menggunakan filezila di tes di windows xp)

upload

hasil upload

4. Tes Web Hasil Konfigurasi (Tes di windows xp)

5. Tes Mail, gagal untuk mengkonfigurasikan tools ini dikarenakan peralatan yang terbatas

Kelompok :

- Ariani Kartika
- Anugerah Pekerti
- Haris Mei Fajri
- Jodhi Satrio

Tugas Pemrograman Jaringan : Aplikasi client-server TCP sederhana

Tugas Pemrograman Jaringan : Aplikasi client-server TCP sederhana

Pembuatan beberapa contoh program untuk mengecek ip, nama komputer, mengganti nama komputer dengan ip, menampilkan host name dan ip address, membuat aplikasi client-server TCP sederhana menggunakan bahasa pemrograman java.


Mendapatkan ip yang sedang digunakan:

import java.net.*;
public class AmbilIP {
public static void main(String args[]) throws Exception {
InetAddress host = null;
host = InetAddress.getLocalHost();
byte ip[] = host.getAddress();
for (int i=0; i 0) {
System.out.print(“.”);
}
System.out.print(ip[i] & 0xff);
}
System.out.println();
}
}

Output Program :

Logika Program :

Untuk listing program yang pertama ini digunakan untuk menampilkan IPaddress yang ada pada komputer. Program mengimport java.net, kemudian membuat class dengan nama coba1(AmbilIP), perintah yang selanjutnya program akan mendeklarasikkan InetAddress host benilai null kemudian host yang akan didapatkan dari nilai InetAddress host dan terakhir pada byte ip didapatkan nilai dari hostAddress. Kemudian terdapat suatu perulangan for dimana berfungsi untuk pencetakan tulisan. Kondisi yang ada di dalam for akan mencetak tulisan yang ada pada IP address, yang memiliki titik (.), nilai angka IP, dan spasi ( )

 

Mendapatkan Nama host pc yang sedang digunakan:

import java.net.*;
public class NamaPC {
public static void main(String args[]) throws Exception {
InetAddress host = null;
host = InetAddress.getLocalHost();
System.out.println(“Nama komputer Anda: ” +
host.getHostName());
}
}

Output Get Host Name :

Logika Program :

digunakan untuk mencetak host name dari komputer. Pertama kali akan menginport java.net, untuk program ini menggunakan nama class NamaPC (coba2). Selanjutnya masuk pada pendeklarasian dimana bagian pendeklarasian adalah InetAddress host = null; dan host = InetAddress.getLocalHost(); maksudnya adalah InetAddress host bernilai null dan host didapatkan dari nilai InetAddress pada localhost. Kemudian terakhir kali akan mencetak hostname secara otomatis dengan perintah host.getHostName().

 

Mendapatkan IP lain yang ada dikomputer yang sedang digunakan:

import java.net.*;
public class AmbilIPLain {
public static void main(String args[]) {
if (args.length == 0) {
System.out.println(“Pemakaian: java IPtoName “);
System.exit(0);
}
String host = args[0];
InetAddress address = null;
try {
address = InetAddress.getByName(host);
} catch (UnknownHostException e) {
System.out.println(“invalid IP – malformed IP”);
System.exit(0);
}
System.out.println(address.getHostName());
}
}

Output Get Other IP :

Logika Program :

Program diatas digunakan untuk IP lokal dengan IP komputer yang lain dimana penjelasannya adalah berikut ini. Program akan menginport java.net dan masuk pada nama class yang dibuat yaitu AmbilIPLain. Untuk program ini terdapat kondisi if dimana jika program nilainya lebih besar sama dengan 0 maka cetak nama pemakai dan IPtoName lalu program akan kembali ke semula dan program akan mendeklarasikkan String host yaitu 0 dan InetAddress address bernilai null. Kemudian program akan mengulang ke bagian address yang terdapat di InetAddress pada host kemudian apabila perulangan tersebut tidak terpenuhi maka akan mencetak invalid IP – malformed ip.
Untuk hasil output ini pada saat menjalankan program masukkan terlebih dulu IPAddress kemudian host name dari komputer. Jika sudah maka jalankan kembali program java tersebut maka host name tersebut akan terganti dengan IP. Dan akan mencetak IP komputer yang lain yaitu 10.189.46.244 dengan host name 10.189.46.244

Berikut adalah contoh program untuk NSLookup :

import java.net.*;
public class NsLookup {
public static void main(String args[]) {
if (args.length == 0) {
System.out.println(“Pemakaian: java NsLookup “);
System.exit(0);
}
String host = args[0];
InetAddress address = null;
try {
address = InetAddress.getByName(host);
} catch(UnknownHostException e) {
System.out.println(“Unknown host”);
System.exit(0);
}
byte[] ip = address.getAddress();
for (int i=0; i 0) System.out.print(“.”);
System.out.print((ip[i]) & 0xff);
}
System.out.println();
}
}

Program NsLookup :

Logika Program:

Pada aplikasi ini akan menampilkan NsLookup yaitu menampilkan host name dan ip address yang ada pada laptop saya. Untuk penjelasan dari program adalah sebagai berikut ini, program akan mengimport java.net kemudian program akan masuk ke dalam class program yang bernama NsLookup. Pada program utama ini akan mencetak Pemakai : Java NsLookup hostname kemudian aka mendeklarasikan String host adalah 0 dan InetAddress address bernilai null kemudian apabila host tidak dikenal maka akan tampil Unknown host. Untuk bagian listing byte ip nilainya didapat dari address lalu apabila i > 0 dan i
Sehingga pada output akan mencetak host name yaitu hpmini-pc dan ip address yaitu 10.189.46.255

Berikut adalah contoh program Server:

import java.io.*;
import java.net.*;
public class CobaServer {
public final static int TESTPORT = 5000;
public static void main(String args[]) {
ServerSocket checkServer = null;
String line;
BufferedReader is = null;
DataOutputStream os = null;
Socket clientSocket = null;
try {
checkServer = new ServerSocket(TESTPORT);
System.out.println(“Aplikasi Server hidup …”);
} catch (IOException e) {
System.out.println(e);
}
try {
clientSocket = checkServer.accept();
is = new BufferedReader(new
InputStreamReader(clientSocket.getInputStream()));
os = new DataOutputStream(clientSocket.getOutputStream());
} catch (Exception ei) {
ei.printStackTrace();
}
try {
line = is.readLine();
System.out.println(“Terima : ” + line);
if (line.compareTo(“salam”) == 0) {
os.writeBytes(“salam juga”);
} else {
os.writeBytes(“Maaf, saya tidak mengerti”);
}
} catch (IOException e) {
System.out.println(e);
}
try {
os.close();
is.close();
clientSocket.close();
} catch (IOException ic) {
ic.printStackTrace();
}
}
}

Aplikasi Server :

Logika Program :

Listing programvdiatas merupakan listing untuk sebuah komputer yang dijadikan server dimana server sebagai pusat dari semua client. Saat program server berhasil untuk dijalankan maka akan muncul pesan “Aplikasi Server Hidup…”

Berikut adalah contoh program Client:

import java.io.*;
import java.net.*;
public class simpleclient{
public final static int REMOTE_PORT = 5000;
public static void main(String args[]) throws Exception {
Socket cl = null;
BufferedReader is = null;
DataOutputStream os = null;
BufferedReader stdin = new BufferedReader(new
InputStreamReader(System.in));
String userInput = null;
String output = null;
// Membuka koneksi ke server pada port REMOTE_PORT
try {
cl = new Socket(args[0], REMOTE_PORT);
is = new BufferedReader(new
InputStreamReader(cl.getInputStream()));
os = new DataOutputStream(cl.getOutputStream());
} catch(UnknownHostException e1) {
System.out.println(“Unknown Host: ” + e1);
} catch (IOException e2) {
System.out.println(“Erorr io: ” + e2);
}
// Menulis ke server
try {
System.out.print(“Masukkan kata kunci: “);
userInput = stdin.readLine();
os.writeBytes(userInput + “\n”);
} catch (IOException ex) {
System.out.println(“Error writing to server…” + ex);
}
// Menerima tanggapan dari server
try {
output = is.readLine();
System.out.println(“Dari server: ” + output);
} catch (IOException e) {
e.printStackTrace();
}
// close input stream, output stream dan koneksi
try {
is.close();
os.close();
cl.close();
} catch (IOException x) {
System.out.println(“Error writing….” + x);
}
}
}